In this paper, we analyze the tropical decomposition of the weighted adjacency matrix of an alignment graph in terms of shifted diagonal matrices. We use this decompositions to describe a way to compute the minimal cost of an alignment applying a refined version of the Floyd-Warshall algorithm.

Bocci, C., & Korchmaros, A. (2013). Tropical properties of alignment matrices. ADVANCES AND APPLICATIONS IN DISCRETE MATHEMATICS, 11(1), 23-46.

Tropical properties of alignment matrices

BOCCI, CRISTIANO;
2013

Abstract

In this paper, we analyze the tropical decomposition of the weighted adjacency matrix of an alignment graph in terms of shifted diagonal matrices. We use this decompositions to describe a way to compute the minimal cost of an alignment applying a refined version of the Floyd-Warshall algorithm.
Bocci, C., & Korchmaros, A. (2013). Tropical properties of alignment matrices. ADVANCES AND APPLICATIONS IN DISCRETE MATHEMATICS, 11(1), 23-46.
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