In this paper, we analyze the tropical decomposition of the weighted adjacency matrix of an alignment graph in terms of shifted diagonal matrices. We use this decompositions to describe a way to compute the minimal cost of an alignment applying a refined version of the Floyd-Warshall algorithm.
Bocci, C., Korchmaros, A. (2013). Tropical properties of alignment matrices. ADVANCES AND APPLICATIONS IN DISCRETE MATHEMATICS, 11(1), 23-46.
Tropical properties of alignment matrices
BOCCI, CRISTIANO;
2013-01-01
Abstract
In this paper, we analyze the tropical decomposition of the weighted adjacency matrix of an alignment graph in terms of shifted diagonal matrices. We use this decompositions to describe a way to compute the minimal cost of an alignment applying a refined version of the Floyd-Warshall algorithm.
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