In this paper we design a work-efficient parallel algorithm for the de novo peptide sequencing problem. The algorithm runs on the concurrent-read, exclusive write PRAM in O(n) time and uses log (n) processors, where n is the number of the fragments in the spectrum.
Brunetti, S., Lodi, E., Mori, E. (2007). De novo peptide sequencing: a work efficient parallel algorithm. In International Conference on Bioinformatics Research and Development (pp.67-76).
De novo peptide sequencing: a work efficient parallel algorithm
BRUNETTI, SARA;
2007-01-01
Abstract
In this paper we design a work-efficient parallel algorithm for the de novo peptide sequencing problem. The algorithm runs on the concurrent-read, exclusive write PRAM in O(n) time and uses log (n) processors, where n is the number of the fragments in the spectrum.
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https://hdl.handle.net/11365/6127
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